L’estuaire du Niémen est le lieu de rencontre de plus de 300 espèces d’oiseaux. 180 espèces d’oiseaux y couvent leurs œufs. L'estuaire et les prairies humides, les marais ainsi que les forêts humides sont les plus importants lieux de couvaison de plusieurs espèces d’oiseaux qui sont rares ou menacés d'extinction. 58 espèces d’oiseaux couvant dans le parc régional de l’estuaire du Niémen sont inscrites au Livre rouge de la Lituanie, et 54 espèces sont inscrites à la liste des d’oiseaux les plus protégés dans les pays de l’Union européenne.
