Nemuno deltoje aptiktama daugiau nei 300 paukščių rūšių. Čia peri apie 180 paukščių rūšių. Deltoje ir ją supančiose apsemiamose lankose, pelkėse ir drėgnuose miškuose yra svarbiausios Lietuvoje daugelio retų ir nykstančių paukščių rūšių perimvietės. Nemuno deltos regioniniame parke perinčios 58 paukščių rūšys įrašytos į Lietuvos Raudonąją knygą, o 54 rūšys yra įtrauktos į Europos Sąjungos šalyse labiausiai saugomų paukščių sąrašą.
