Delta zamieszkana jest przez ponad 300 gatunków ptaków. Pisklęta wysiaduje tutaj około 180 gatunków ptaków. Delta, przylegające do niej łąki, bagna i wilgotne lasy są główną na Litwie wylęgarnią wielu gatunków ptaków rzadkich i zagrożonych. 58 gatunków ptaków wysiadujących pisklęta w Parku Regionalnym delty Niemna zostało wpisanych do Litewskiej Czerwonej Księgi, kolejne 54 gatunki są na liście najbardziej chronionych ptaków w państwach Unii Europejskiej.
